從權利所屬這個層面上講，二者并沒有實質性差別，初創企業如果經費預算有限可以采用馬德里商標申請方式，可控性較好，且更加直觀。

從權利歸屬層面來看，二者并無實質性區別，主要體現在以下程序上:

(1)馬德里商標可以一次申請多個類別的商標，而普通外國商標深圳化妝品注冊公司應逐一申請；

(2)馬德里商標可以直接通過商標局提交，而普通涉外商標一般都要由當地事務所或律師事務所提交，部分還需要辦理公證手續；

(3)一般在各國直接注冊的商標都會有商標證書，而通過馬德里協議或約定程序申請國際商標時指定的國家不會頒發商標證書，必要時可以向當地商標主管部門頒發商標注冊證書；

(四)直接在各國注冊的商標，不要求該商標已經在中國申請或者注冊，而是通過馬德里協議或者約定的需要在中國申請；

(5)直接在各國注冊的商標相互獨立。如果在馬德里注冊的商標在五年內被宣布無效或被撤銷，馬德里國際注冊也將被撤銷；

(6)各國商標審查時間長短不一。馬德里的商標審查期為12個月或18個月。逾期未駁回的，視為核準登記。

(7)與各國直接申請商標相比，名稱越多，馬德里商標越便宜。

(8)馬德里商標申請成本低，且易于操作。可以提交給中國商標局，但結果的時間周期長(約18個月)。后期如有拒簽或其他問題，應委托當地律師回復。

(9)單次申請的費用相對較高，大約是馬德里商標申請的兩到三倍，但獲得結果的時間很短，從一個月快到一年慢不等。同時，如果案件被駁回，當地負責案件的律師會對案件給出最專業的建議，同時當地律師會及時提醒各流程節點截止時間。

預算有限的創業公司可以申請馬德里商標，更加可控直觀。

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